（windows系统下为例）

第一步：安装APBS
PyMOL (1.7) 好像本身就有支持的插件，但是APBS的主程序还是要安装一下的。
http://sourceforge.net/projects/apbs/ 下面找到最新的APBS安装包，比如我用的是APBS 1.4.1。
解压后将apbs文件夹放到C:盘根目录（这个自己可随意）

第二步：将pdb文件生成pqr文件
到下面网站 http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_2.0.0
不管你是上传自己的PDB还是输入一个PDB的id,不该任何参数，直接submit便可，等待一会就会为你生成一个pqr文件，下载到本地磁盘即可。

下载pqr文件：

第三步：设置和运行APBS
1.用PyMOL打开PDB文件
2.在插件栏中打开APBS插件

3.在 "Main" 菜单页中
点击"Use another PQR"选择框
点击"Choose Externally Generated" to select PQR file" 将你刚才下载的pqr文件地址选上。

4. 在"Program Locations"菜单页中
设置 APBS binary location为 C:\apbs\apbs.exe （均以我的配置为例）
设置APBS psize location为 C:\apbs\psize.py

5.点击 setgrid，然后点击 run APBS按钮，稍等片刻，就会出现一个计算结果面板如下。

6. 点击取消 "solvent accessible surface"选择框，并且调整Low, Middle, High那里的数值，我以-8，0，8为例。

7.最后点击“show”，在蛋白分子显示窗就能看到表面静电式结果，大功告成。