根据蛋白序列寻找SNP

dr.qinan

1 、把蛋白序列对应的核酸序列找到。
2 、根据核酸序列做BLAST （对dbSNP数据库http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snpblastByChr.html）。
3 、结果中，可以得到你的序列上所以已知的SNP。
丁香园网友freedegree提到：
以编码5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor的HTR1A基因为例，先进入entrez，选择gene选项，在NCBI中搜HTR1A基因，到如下图界面，点基因缩略图，然后点graphics。


点击后的界面如下。这里已经很清楚地标明了SNP所在的位置以及对应的核酸与蛋白序列。但有一点要说明，我注意到这个基因编码的蛋白序列与swissprot的序列有一些差别，很可能是收录的版本不同，或是有些序列是NCBI直接根据orf形成的。