从零开始 lammps 单机版编译（meam, poems, reax, xmovie安装）

dynamoliu

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正文：

关于lammps的安装，网上有大量的说明。然而通过搜索英文网站和lammps官网的mail list 可以找到一些以前没有人使用过的安装方法，相比而言，这些方法比中文网站现有的方法要简单。在此贴出自己的成功运行方案，以帮助大家尽快地进入分子动力学模拟的实际操作过程中，而不要把大量的时间浪费在安装环节。祝顺利！大型计算机的编译迟些时候贴出。

1 建议使用ubuntu 系统，其中的apt-get功能很强大，可以简单地下载并安装所需的软件包。

2 下载并解压缩lammps。
code: tar xvf lammps.tar.gz，可以将解压缩出来的文件夹重新命名

3 lammps的安装需要三个基本库：c语言编译，并行计算和傅立叶变换

Code:
    sudo apt-get install g++ mpi-default-bin mpi-default-dev fftw-dev

此外还需要几个辅助包：
sudo apt-get install build-essential csh
sudo apt-get build-dep acc
sudo apt-get install build-essential
acc我安装不上，不过也不影响以后的运行

4 meam的安装： 需要Fortran软件。code: sudo apt-get install gfortran.
之后进入 ~/lammps/lib/meam, make -f Makefile.gfortran, 可以得到 libmeam.a

5 reax和poem的安装，类似于meam的安装，只需要把Makefile.gfortran改为Makefile.g++

6 安装其他包。进入 ~/lammps/src之后 make yes-all, 然后make no-gpu, make no-user-cuda等 （lammps有atc, awmpd, cuda, gpu, meam, poems, reax七个包需要单独安装，把这些包中不需要的包用make no-命令来取消）

7 修改makefile： 进入 ~/lammps/src/MAKE/, 随便复制一个文件出来。例如 cp Makefile.openmpi Makefile.***。 ***是自己任意i定的名字。 之后 vi Makefile.*** 进行修改。此处***用foo来代替

8 Makefile.foo 的修改： 什么都不动，只需要在FFT的定义段之后添加

CCFLAGS = -O2 -I/~/lammps/lib/meam -I/~/lammps/lib/poems -I/usr/lib/i386-linux-gun/gcc/i686-linux-gun/4.5 -I/~/lammps/lib/reax
LINKFLAGS = -O -L/~/lammps/lib/meam -L/~/lammps/lib/poems -L/usr/lib/i386-linux-gnu/gcc/i686-linux-gun/4.5 -L/~/lammps/lib/reax
LIB = -lmeam -lpoems -lgfortran -lreax

强调：必须要声明lib gfortran的位置！ 可以在电脑中搜索gfortran, 搜索到libgfortran.a之后，它的位置就是所需位置。

9 编译：在 ~/lammps/src目录下， 输入 make foo

如果编译成功则会显示如下信息：
   text          data           bss           dec           hex        filenamefoo
   5207794        137528         17736        5363058        51d572        ../lmp_foo
   make[1]: Leaving directory ` ~lammps/src/Obj_foo'  

10 测试：
拷贝 ~/lammps/src下的lmp_foo到 ~/lammps/examples/下需要测试的文件夹中。主要对meam和reax进行测试
如进入meam文件夹后 输入 mpirun -np 4 lmp_foo < in.meam，如果不出现 invalid pair style的字样，恭喜你！ It's a lucky day!

11 xmoive的安装, sudo apt-get libx11-dev libxt-dev libxaw7-dev
进入 ~/lammps/tools/xmovie后输入make.

xmovie安装没有成功 : (