其中包含两个方面，第一是如何找到可能的confunding factor，并且实现可视化，第二是如何去除这些confunding的影响。
1. Combat ，可能是最古老的，线性的
2. scLVM, 去除一些confunding factor，比如细胞周期等
3. mnnCorrect， 假设两个数据组中至少有个细胞群是重合的
4. Harmony，在PC空间的细胞组中找中心点，将两组数据的对呀中心点坐标重合
5. CCA，Seurat v2 包中算PC做重合
6. Anchor integration, Seura V3
7. kBET, k-nearest-neighbor batch-effect test
8. MNN 假设两个数据组中至少有个细胞群是重合的
有兴趣的话可以再逐个展开与大家探讨 |
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发表于 2019-5-16 04:37:13