如何寻找vcf文件中的共同变异 common variants

阿平

1. VCFtools
命令： vcftools --diff <filename> --diff-site
--diff flag 的解读：“Outputs the sites that are common / unique to each file. The output file has the suffix “.diff.sites_in_files”.”
2. BCLtools
isec代表找多个vcf文件中的SNPs的intersection
命令： bcftools isec -n +2 file1.vcf.gz file2.vcf.gz | bgzip -c > isec_file1-v-2_out.vcf.gz

3. vcf-compare
也在vcftools包中，主要用来作统计哪些交汇、哪些差异，画韦恩图等。