分子模拟软件amber

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Amber是著名的分子动力学软件,主要用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的动力学模拟以及小分子与大分子相互作用的研究,用于多种通用计算. Amber也常用于指代经验力场
。

1970s末，AMBER软件包最初是为基于能量的计算辅助建模（Assisted Model Building with Energy Refinement）而开发的。至今已发展成一组功能强大的现代计算化学的程序，适用于蛋白质、核酸以及碳氢化合物的分子动力学和自由能计算等多种通用计算。在针对蛋白质的动力学模拟中，AMBER软件在29年间模拟能力已扩展到了蛋白质与配基的结合、蛋白质变性时酶与底物的催化机制以及基于实验数据的蛋白质重折叠及结构优化等研究领域。“AMBER”是一些功能各异的程序模块的集合代称，这些程序共同实现其在核酸、蛋白质等生物大分子领域的强大功能；然而“AMBER”通常也指AMBER经典力场，很多情况下应注意区分；目前已有许多计算软件有配置的AMBER力场源程序，而AMBER程序也引用了其他的力场参数。