Desmond

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   Desmond今年02月发布的一款新的分子动力学软件，也并入了Schrodinger Suite 的Maestro模块里了。主页：  http://www.deshawresearch.com/  

背景就是一个很有钱的，做hedge fund的人（D E Shaw）投了一笔钱，招了一帮人开发了专门用来做MD的服务器(Anton)和分子动力学软件(Desmond)。Nature去年有一篇文章专门采访了David Shaw, Klause Schulten, Greg Voth, 好像还有Charle Brooks和Vijay Pande。由于DesRes 演说得非常好，对我们这行的吸引力很大的，招了不少牛人，另外他们也请了gromacs的人过去帮忙，所以Desmond应该还是不错的。 1）Desmond应用的时候需要多个cpu，最大可以整合1200个CPU，并行能力超强 2）User guider上似乎对membrane的模拟功能很强。好处是对学术用户免费注册下载，发文章的话没有问题的。 3）安装到 ubuntu linux上了，安装过程还挺简单的，按照他的installation guider 即可。原来Desmond要通过maestro来调用以使用图形介面。使用时先开始maestro，然后在application中点击desmond就可以了。界面比较友好；并行安装很简单的，只要稍微修改一下语句就可以。