吕头的Pymol学习笔记（一）：简介&安装

三维观点

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：

1. 如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。
   然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：
   • C++ (gcc or g++ package name)
   • Python
   • OpenGL
   • PNG
   然后在源代码目录里面依次运行：
2. 如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：
   • Python
   • Pmw
   • OpenGL driver（我用的是NVdia）
   • libpng
   • Subversion client（下载源代码需要）
   然后下载Pymol的源代码
   
   $ mkdir pymol-src
   $ svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src
   然后进入源代码目录
   
   # cd pymol-src
   开始依次编译
   
   # python setup.py install
   # python setup2.py install
   
   拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了
   
   # cp ./pymol /usr/bin
   如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行
   
   # python setup2.py install pmw
   如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"
   
   # USE="tcl tk" emerge python
   好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。