吕头的Pymol学习笔记（六）：关于cartoon

三维观点

cartoon经常被用来显示一个蛋白质的总体结构，看起来也很漂亮。这次就来说说它的具体用法。
不久前本人刚搞定了一个Glucosyltransferase的结构，所以下面所有的例子都用来它来说明。

cartoon的命令格式如下：

Pymol> cartoon type, (selection)

总结一下cartoon的显示类型：

automatic：默认的显示方式

loop

tube: 比loop粗点

putty: 这个比较有趣，按照R-factor来显示，越高越粗

oval

rectangle

arrow：和rectangle几乎一样，就是多了个箭头

dumbbell：在oval的基础上，在helix的边缘加上一个cylinder

skip：隐藏，该图中隐藏了6－120号氨基酸。

下面说说如何设置cartoon的一些具体细节。
比较下面的2幅图：

你会发现第一张图中sheets是平的，而当中的那个氨基酸的支链并没连接在sheet上，这是因为为了显示的漂亮，把sheet人为的抹平了。而第二张 图中的sheets则表达了蛋白质的真实走向，所以氨基酸的支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部的具体细节的时候，最好采用第二张图中的显示 方式。2张图对应的命令分别是：

Pymol> set cartoon_flat_sheets, 1
Pymol> set cartoon_flat_sheets, 0

类似的命令对应于loop，就不举例子了：

Pymol> set cartoon_smooth_loops, 1
Pymol> set cartoon_smooth_loops, 0

下面再说说cartoon尺寸。
Helix的厚度和宽度：

Pymol> set cartoon_oval_width, 0.2
Pymol> set cartoon_oval_length, 1.5

sheet的厚度和宽度：

Pymol> set cartoon_rect_width, 0.5
Pymol> set cartoon_rect_length, 1.5

loop的半径：

Pymol> set cartoon_loop_radius, 0.2

如果你设置了cartoon的显示风格为fancy

Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> set cartoon_fancy_sheets, 1

这样你得到的helix的边上会带有一个很细的cylinder，也就是上面几张图中的显示方式。此时设置helix的厚度，宽度，以及这个cylinder的半径分别是：

Pymol> set cartoon_dumbbell_width, 0.1
Pymol> set cartoon_dumbbell_length, 2
Pymol> set cartoon_dumbbell, 0.2

依此类推，还可以设置和putty，tube等等显示类型相关的尺寸，就不一一类举了。

最后再加几个还用的着的命令吧：

上色：

Pymol> set cartoon_color, green

竟然还可以refine，呵呵，逗号后面可以接数字，好像1－20都可以，数字越大优化的越大，感觉的确能变漂亮点：

Pymol> set cartoon_refine, 20

设置透明：

Pymol> set cartoon_transparency, 0.5

关于cartoon还有些命令，感觉不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。有兴趣再研究吧。      

原文：http://www.donkeyhome.org/protein/protein-007/