吕头的Pymol学习笔记（七）：关于label

三维观点

在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。

label的命令格式如下：

Pymol> label [selection, [expression]]

selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi, chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：

Pymol> label selection, "user-defined expression"

在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的binding pocket标注出来：
首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。

Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmp
Pymol> extract upg, chain b
Pymol> extract pro, chain a
Pymol> delete tmp
Pymol> select near, pro within 4.5 of upg
Pymol> hide all
Pymol> show sticks, upg
Pymol> show lines, near
Pymol> label near, ("%s/%s") % (resn, resi)#("%s/%s"): 设定显示格式。

上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。
在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置：

投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）:

Pymol> set label_shadow_mode, 3

文字颜色：

Pymol> set label_color, color-name, selection

标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：

Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]

字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的：

Pymol> set label_font_id, 5

字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是Å：

Pymol> set label_size, -0.5
Pymol> set label_size, 4

设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：

Pymol> set label_position, (x,y,z)

最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。
首先在$HOME/.pymolrc中加入：

# start $HOME/.pymolrc modification
single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \
'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \
'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \
'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}
# end modification

用法，用single[resn]代替resn：

Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn]

下面是改进过的图片：

是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：

Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain
Pymol> set_color grey1, [224,224,224]
Pymol> set cartoon_color, grey1
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> label n. CB and near, ("%s%s") % (single[resn], resi)
Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set label_font_id, 13
Pymol> set label_size, 26
Pymol> bg_color white

Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离
Pymol> set dash_length, 0.015
Pymol> set dash_radius, 0.015
Pymol> set dash_gap, 0.6
Pymol> set dash_color, grey

原文地址：http://www.donkeyhome.org/protein/protein-008/