吕头的Pymol学习笔记（八）：在pymol中导入电子密度图

三维观点

假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就可以用fft(Fast Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中导入。

fft的命令格式如下：

fft HKLIN protein.mtz XYZIN protein.pdb MAPOUT 2fofc.ccp4

回车后进入fft环境，还需要指定一些参数：

LABIN F1=FWT PHI=PHWT
GRID SAMPLE 5
END

上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是3，表示生成的“网格”大小是最大分辨率的三分之一，以此类推。
回车之后电子密度图就搞定了，名字叫2fofc.ccp4

然后就可以在pymol中导入了。首先导入pdb文件glucosyltransferase.pdb，然后电子密度图：

首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。

Pymol> load glucosyltransferase.pdb, pro
Pymol> load 2fofc.ccp4

你会发现，还看不见density。打开Wizard -- Density，怎么样，看见了吧。按住ctrl键和鼠标右键可以移动density，或者点击Density Map Wizard中的"Next Res."和"Previous Res."。

不过显示全部的density map并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。

Pymol> remove resn HOH
Pymol> select upg, chain b
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> as stick, upg
Pymol> orient, upg
Pymol> isomesh upg-d, 2fofc, 2.0, upg, carve=1.5
Pymol> set stick_radius, 0.2
Pymol> set mesh_radius, 0.01#让电子密度图的网格细一点，好看

效果图如下：

上诉命令中，其余设置请见上一节label，和显示电子密度相关的就是isomesh了，它的用法如下：

Pymol> isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]

• name: 给这个mesh isosurface随便起个名字。
• map: 就是刚才load的那个2fofc。
• level: 轮廓值，越大轮廓越细。
• selection: 要表达的对象
• buffer: 没用过
• state: 没用过
• carve: 以selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的density

OK!搞定。      

原文地址：http://www.donkeyhome.org/protein/protein-009/