新科学想法 › 日志

日志

最新发表的日志| 推荐阅读的日志

分享数据科学的一种Python工作模式：Spyder IDE 远程访问服务器 Jupyter qt console ... . ...: 阿平 2019-12-30 22:37; 做数据科学分析很多时候代码在本地，而数据与运算要依赖在远程的服务器，这点在处理大数据时特别重要。 Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook（比如程序员），这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问： 1. ...; 1801 次阅读|0 个评论

分享 yum坏了怎么办？: 阿平 2019-12-29 06:14; CentOS linux系统中的yum功能坏了，出现以下报错： There was a problem importing one of the Python modules required to run yum. The error leading to this problem was: No module named yum 修正方法如下（CentOS7为例）：从镜像中下载如下安装包 (python, python-devel, python-libs, python-tools, ...; 1176 次阅读|0 个评论

分享修改BAM的头文件以及相关数据类型: 阿平 2019-10-4 16:38; 以修改染色体命名方式（从chr1换到1）为例 samtoolsidxstats./sample.bam| head-n30# 查看排列 samtoolsview-H./sample.bamheader.sam # 手动修改header.sam内容，比如染色体，重命名文件为 header_corrected.sam samtoolsreh ...; 1512 次阅读|0 个评论

分享 R和conda环境问题 SHLIB_LIBADD: 阿平 2019-7-15 18:52; 新建conda虚拟环境有无法使用Nvim-R插件，说nvimcom安装失败提示SHLIB_LIBADD未设置，检查conda环境/envs/rnaseq/lib/R/lib/etc/Makeconf 文件是空的，接着将另外一个虚拟环境中的Makeconf 文件拷贝到空的Makeconf中，发现SHLIB仍然报错，然后设置SHLIB_LIBADD = -L/全目录/envs/rnaseq/lib/R/lib 再保存文件，问题解 ...; 1189 次阅读|0 个评论

分享 node js与Apache 代理设置: 阿平 2019-6-25 08:04; 没想到会去用node js 和 React，正好更新以下知识：） httpd.conf 中必须启用以下三项： LoadModule proxy_module libexec/apache2/mod_proxy.so LoadModule proxy_http_module libexec/apache2/mod_proxy_http.so LoadModule proxy_wstunnel_module libexec/apache2/mod_proxy_wstunnel.so 并缺需要定义代理的 ...; 1082 次阅读|0 个评论

分享常用基因组工具: 阿平 2019-6-7 20:59; short reads genome aligner: BWA, Bowtie, SOAP2 and SOAP3 (支持GPU) 更多对比见文章(陈旧) https://www.nature.com/articles/jhg201143#t3 RNA-seq aligner: STAR, TopHat CNV callers： CN-Learn, CANOES, CODEX, XHMM 34 and CLAMMS; 1154 次阅读|0 个评论

分享 R语言在Conda编译环境的困扰: 阿平 2019-2-11 17:43; 使用R语言工作环境是建立在anaconda之上，但是安装R软件包时会遇到（或者是经常）编译失败的问题，non-zero exist status 的错误提示有些头痛。查了一下解决方案，发现conda现在将编译器内置了，可是往往不起作用（也许是我版本问题），需要手动安装些软件包如下； Linux下： conda install gcc_linux-64 gxx_ ...; 1850 次阅读|0 个评论热度 11

分享用R做生物学模型或模拟: 阿平 2019-1-20 23:02; 用R处理数据那真是方便，但是做生物学模型或模拟有些吃力，功能包不多呀（有，但是针对性地整合的不多）。看到2016年有人尝试过 http://www.vesnam.com/Rblog/modeling-in-systems-biology/ 但后续就没有了，太可惜。就当作自己记录一下备忘。 ...; 859 次阅读|0 个评论

分享谷歌版R语言风格指引: 阿平 2018-11-13 07:21; 以下搬运自：https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml Google's R Style Guide R is a high-level programming language used primarily for statistical computing and graphics. The goal of the R Programming Style Guide is to make our R code easier to read, share, and verify. The rules below ...; 5113 次阅读|0 个评论

分享值得注意的单细胞测序平台: 阿平 2018-10-31 22:59; Science上的split-seq出来才几个月，商业化公司就出来！美国的科技转化效率真是没得说！ https://www.splitbiosciences.com/; 895 次阅读|0 个评论

12 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 195 / 195 页下一页

Copyright; © 新科学想法 2016-2017

浙公网安备 33010202000686号 ( 浙ICP备09035230号-1 )