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分享修改BAM的头文件以及相关数据类型: 阿平 2019-10-4 16:38; 以修改染色体命名方式（从chr1换到1）为例 samtoolsidxstats./sample.bam| head-n30# 查看排列 samtoolsview-H./sample.bamheader.sam # 手动修改header.sam内容，比如染色体，重命名文件为 header_corrected.sam samtoolsreh ...; 个人分类: 读书笔记|2901 次阅读|0 个评论

分享 R语言在Conda编译环境的困扰: 阿平 2019-2-11 17:43; 使用R语言工作环境是建立在anaconda之上，但是安装R软件包时会遇到（或者是经常）编译失败的问题，non-zero exist status 的错误提示有些头痛。查了一下解决方案，发现conda现在将编译器内置了，可是往往不起作用（也许是我版本问题），需要手动安装些软件包如下； Linux下： conda install gcc_linux-64 gxx_ ...; 个人分类: 读书笔记|2540 次阅读|0 个评论热度 11

分享用R做生物学模型或模拟: 阿平 2019-1-20 23:02; 用R处理数据那真是方便，但是做生物学模型或模拟有些吃力，功能包不多呀（有，但是针对性地整合的不多）。看到2016年有人尝试过 http://www.vesnam.com/Rblog/modeling-in-systems-biology/ 但后续就没有了，太可惜。就当作自己记录一下备忘。 ...; 个人分类: 读书笔记|1122 次阅读|0 个评论

分享 Homebrew 升级问题: 阿平 2018-8-26 15:48; Mac的hign sierra 版本中禁止了对usr/local等关键目录的操作权限，这让homebrew的某些核心软件升级遇到问题。需要在终端执行一下代码解决： sudo chown -R $(whoami) $(brew --prefix)/*; 个人分类: 读书笔记|584 次阅读|0 个评论

分享 Python Pandas 知识点小抄 Cheat Sheet: 阿平 2016-12-24 07:53; 学Pandas也有不少东西要记住，小抄在手，数据无忧特此与大家共享！下载附件; 个人分类: 读书笔记|1081 次阅读|0 个评论

分享 wxPython学习笔记3: 阿平 2011-11-20 07:53; 12. 多项选择框 wx.CheckBox 效果图：实现源代码： import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame aka window", size=(300,200)) pan ...; 个人分类: 读书笔记|1860 次阅读|0 个评论

分享 wxPython学习笔记2: 阿平 2011-11-20 06:51; 5.弹出对话框中的文本输入 wx.TextEntryDialog 效果图：源代码实现： import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame aka window", size=(300,200)) ...; 个人分类: 读书笔记|1928 次阅读|0 个评论

分享 wxPython学习笔记1: 阿平 2011-11-20 06:21; 最近看了Youtube上Bucky Roberts制作的wxPython视频，稍稍记录一下里面学过的内容： 1. 制作最基本的窗口效果示意图：实现代码： import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame a ...; 个人分类: 读书笔记|2480 次阅读|0 个评论

分享 PP1研究常用结合位点模序总结: 阿平 2011-4-15 01:49; PP1往往通过一些固定模序与很多蛋白质结合，这些模序的定义列举如下。 1. RVxF ，这种是最常见的，具体定义如下： -X(0,1)- -{P}- {Wakula et al. (2003)} 还有另外一种比较严苛的定义是，敏感度只有前者40%，特异性比前者高10倍： - -V- - .{Meiselbach et al. (2006)} 非经典还有如iASPP的RNYF模序。 2. ...; 个人分类: 读书笔记|2013 次阅读|0 个评论

分享免疫沉淀技术中的几个要点总结: 阿平 2009-11-20 03:29; 1.用什么裂解液比较合适？最常用的是RIPA buffer或NP40 buffer的改良版，里面常常需要加入一些抑制剂如Sodium vanadate用来抑制 tyrosine protein phosphatase， Sodim fluoride用来抑制Serine/Threonine protein phosphatase，我们实验室有时用microcystin。还有protease /lysosomal inhibitor等等。 ...; 个人分类: 读书笔记|14198 次阅读|27 个评论热度 12

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