分享 修改BAM的头文件以及相关数据类型
阿平 2019-10-4 16:38
以修改染色体命名方式 (从chr1换到1)为例 samtoolsidxstats./sample.bam| head-n30# 查看排列 samtoolsview-H./sample.bamheader.sam # 手动修改header.sam内容,比如染色体,重命名文件为 header_corrected.sam samtoolsreh ...
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分享 R语言在Conda编译环境的困扰
阿平 2019-2-11 17:43
使用R语言工作环境是建立在anaconda之上,但是安装R软件包时会遇到(或者是经常)编译失败的问题,non-zero exist status 的错误提示有些头痛。 查了一下解决方案,发现conda现在将编译器内置了,可是往往不起作用(也许是我版本问题),需要手动安装些软件包如下; Linux下: conda install gcc_linux-64 gxx_ ...
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分享 用R做生物学模型或模拟
阿平 2019-1-20 23:02
用R处理数据那真是方便,但是做生物学模型或模拟有些吃力,功能包不多呀(有,但是针对性地整合的不多)。 看到2016年有人尝试过 http://www.vesnam.com/Rblog/modeling-in-systems-biology/ 但后续就没有了,太可惜。 就当作自己记录一下备忘。 ...
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分享 Homebrew 升级问题
阿平 2018-8-26 15:48
Mac的hign sierra 版本中禁止了对usr/local等关键目录的操作权限,这让homebrew的某些核心软件升级遇到问题。 需要在终端执行一下代码解决: sudo chown -R $(whoami) $(brew --prefix)/*
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分享 Python Pandas 知识点小抄 Cheat Sheet
阿平 2016-12-24 07:53
学Pandas也有不少东西要记住,小抄在手 ,数据无忧特此与大家共享! 下载附件
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分享 wxPython学习笔记3
阿平 2011-11-20 07:53
wxPython学习笔记3
12. 多项选择框 wx.CheckBox 效果图: 实现源代码: import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame aka window", size=(300,200)) pan ...
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分享 wxPython学习笔记2
阿平 2011-11-20 06:51
wxPython学习笔记2
5.弹出对话框中的文本输入 wx.TextEntryDialog 效果图: 源代码实现: import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame aka window", size=(300,200))   ...
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分享 wxPython学习笔记1
阿平 2011-11-20 06:21
wxPython学习笔记1
最近看了Youtube上Bucky Roberts制作的wxPython视频,稍稍记录一下里面学过的内容: 1. 制作最基本的窗口 效果示意图: 实现代码: import wx class bucky(wx.Frame): def __init__(self,parent,id): wx.Frame.__init__(self,parent,id,"Frame a ...
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分享 PP1研究常用结合位点模序总结
阿平 2011-4-15 01:49
PP1往往通过一些固定模序与很多蛋白质结合,这些模序的定义列举如下。 1. RVxF ,这种是最常见的,具体定义如下: -X(0,1)- -{P}- {Wakula et al. (2003)} 还有另外一种比较严苛的定义是,敏感度只有前者40%,特异性比前者高10倍: - -V- - .{Meiselbach et al. (2006)} 非经典还有如iASPP的RNYF模序。 2. ...
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分享 免疫沉淀技术中的几个要点总结
阿平 2009-11-20 03:29
1.用什么裂解液比较合适? 最常用的是RIPA buffer或NP40 buffer的改良版,里面常常需要加入一些抑制剂如Sodium vanadate用来抑制 tyrosine protein phosphatase, Sodim fluoride用来抑制Serine/Threonine protein phosphatase,我们实验室有时用microcystin。还有protease /lysosomal inhibitor等等。 ...
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