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日志

修改BAM的头文件以及相关数据类型

已有 267 次阅读 2019-10-4 16:38 |个人分类:读书笔记| BAM, samtools

以修改染色体命名方式 (从chr1换到1)为例
samtools idxstats ./sample.bam | head -n 30 # 查看排列
samtools view -H ./sample.bam > header.sam
# 手动修改header.sam内容,比如染色体,重命名文件为 header_corrected.sam
samtools reheader header_corrected.sam ./sample.sam > sample_corrected.bam
samtools idxstats ./sample_corrected.bam | head -n 30 # 查看排列是否修改成功


鸡蛋

鲜花

握手

雷人

路过

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