以修改染色体命名方式 (从chr1换到1)为例
samtools idxstats ./sample.bam | head -n 30 # 查看排列samtools view -H ./sample.bam > header.sam
# 手动修改header.sam内容,比如染色体,重命名文件为 header_corrected.sam
samtools reheader header_corrected.sam ./sample.sam > sample_corrected.bam
samtools idxstats ./sample_corrected.bam | head -n 30 # 查看排列是否修改成功