阿平

日志

做数据科学分析很多时候代码在本地，而数据与运算要依赖在远程的服务器，这点在处理大数据时特别重要。

Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。

不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook（比如程序员），这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问：

1. 在本地和远程通过conda安装

spyder ，jupyter, jupyter-console, jupyter-qtconsole

2. 在本地机（localhost）与远程机（remote_server）查询 jupyter runtime目录

# jupyter --runtime-dir

比如本地：/Users/myuser/Library/Jupyter/runtime

比如远程：/home/myuser/.local/share/jupyter/runtime

3. 在远程服务器的工作目录下开启ipython服务

输入 ipython kernel,

会出现提示包含：

To connect another client to this kernel, use:

--existing kernel-118573.json

其中的kernel-118573.json文件之后有用。

4. 将kernel-json文件从服务器复制到本地(bash 代码)

LOCAL=/Users/myuser/Library/Jupyter/runtime

REMOTE=/home/myuser/.local/share/jupyter/runtime

FILE=kernel-118573.json

scp username@remote_server:$REMOTE/$FILE $LOCAL/

5. （可选）假如不想整合spyder，而直接在本地用qtconsole

jupyter qtconsole --ssh=username@remote_server --ip=remote_ip --existing $LOCAL/$FILE

6. 在Spyder中调用qt console

在spyder IDE下的console面板选择 "Connect to an existing kernel"

输入远程服务器的信息，其中“Connection file”要填写的就是/Users/myuser/Library/Jupyter/runtime/kernel-118573.json

需要通过SSH登陆服务器，Hostname填写服务器的IP地址或域名，Username填写登陆用户名，Password为对应的密码，也可用SSH key文件登陆。

登陆成功会看到以下console信息

现在我们用spyder + qtconsole + scanpy 来做单细胞数据分析吧：）