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日志

分享 数据科学的一种Python工作模式:Spyder IDE 远程访问服务器 Jupyter qt console ... . ...
2019-12-30 22:37
做数据科学分析很多时候代码在本地,而数据与运算要依赖在远程的服务器,这点在处理大数据时特别重要。 Jupyter notebook可通过ssh tunnel 的方法使这种远程计算的方法方便地在本地实现。 不过我相信还是有一部分用户不喜欢 Jupyter notebook(比如程序员),这里提供一个用Spyder IDE实现的远程qt console访问: 1. ...
个人分类: 开发日志|306 次阅读|0 个评论
分享 yum坏了怎么办?
2019-12-29 06:14
CentOS linux系统中的yum功能坏了,出现以下报错: There was a problem importing one of the Python modules required to run yum. The error leading to this problem was: No module named yum 修正方法如下(CentOS7为例): 从镜像中下载如下安装包 (python, python-devel, python-libs, python-tools, ...
个人分类: 开发日志|264 次阅读|0 个评论
分享 修改BAM的头文件以及相关数据类型
2019-10-4 16:38
以修改染色体命名方式 (从chr1换到1)为例 samtoolsidxstats./sample.bam| head-n30# 查看排列 samtoolsview-H./sample.bamheader.sam # 手动修改header.sam内容,比如染色体,重命名文件为 header_corrected.sam samtoolsreh ...
个人分类: 读书笔记|268 次阅读|0 个评论
分享 R和conda环境问题 SHLIB_LIBADD
2019-7-15 18:52
新建conda虚拟环境有无法使用Nvim-R插件,说nvimcom安装失败 提示SHLIB_LIBADD未设置,检查conda环境/envs/rnaseq/lib/R/lib/etc/Makeconf 文件是空的, 接着将另外一个虚拟环境中的Makeconf 文件拷贝到空的Makeconf中, 发现SHLIB仍然报错,然后设置SHLIB_LIBADD = -L/全目录/envs/rnaseq/lib/R/lib 再保存文件,问题解 ...
个人分类: 开发日志|292 次阅读|0 个评论
分享 node js与Apache 代理设置
2019-6-25 08:04
没想到会去用node js 和 React,正好更新以下知识:) httpd.conf 中必须启用以下三项: LoadModule proxy_module libexec/apache2/mod_proxy.so LoadModule proxy_http_module libexec/apache2/mod_proxy_http.so LoadModule proxy_wstunnel_module libexec/apache2/mod_proxy_wstunnel.so 并缺需要定义代理的 ...
个人分类: 开发日志|278 次阅读|0 个评论
分享 常用基因组工具
2019-6-7 20:59
short reads genome aligner: BWA, Bowtie, SOAP2 and SOAP3 (支持GPU) 更多对比见文章(陈旧) https://www.nature.com/articles/jhg201143#t3 RNA-seq aligner: STAR, TopHat CNV callers: CN-Learn, CANOES, CODEX, XHMM 34 and CLAMMS
个人分类: 开发日志|279 次阅读|0 个评论
分享 R语言在Conda编译环境的困扰
2019-2-11 17:43
使用R语言工作环境是建立在anaconda之上,但是安装R软件包时会遇到(或者是经常)编译失败的问题,non-zero exist status 的错误提示有些头痛。 查了一下解决方案,发现conda现在将编译器内置了,可是往往不起作用(也许是我版本问题),需要手动安装些软件包如下; Linux下: conda install gcc_linux-64 gxx_ ...
个人分类: 读书笔记|530 次阅读|0 个评论 热度 11
分享 用R做生物学模型或模拟
2019-1-20 23:02
用R处理数据那真是方便,但是做生物学模型或模拟有些吃力,功能包不多呀(有,但是针对性地整合的不多)。 看到2016年有人尝试过 http://www.vesnam.com/Rblog/modeling-in-systems-biology/ 但后续就没有了,太可惜。 就当作自己记录一下备忘。 ...
个人分类: 读书笔记|228 次阅读|0 个评论
分享 谷歌版R语言风格指引
2018-11-13 07:21
以下搬运自:https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml Google's R Style Guide R is a high-level programming language used primarily for statistical computing and graphics. The goal of the R Programming Style Guide is to make our R code easier to read, share, and verify. The rules below ...
个人分类: 开发日志|649 次阅读|0 个评论
分享 值得注意的单细胞测序平台
2018-10-31 22:59
Science上的split-seq出来才几个月,商业化公司就出来! 美国的科技转化效率真是没得说! https://www.splitbiosciences.com/
个人分类: 科学奇闻|248 次阅读|0 个评论
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