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dechang

2011文献活动勋章' 

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  • 真实姓名徐德昌
  • 性别
  • 生日1964 年 1 月 27 日
  • 出生地江苏 苏州
  • 居住地黑龙江 哈尔滨

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matlab生物信息学工具箱新增功能——处理geo系列数据 2010-04-11
本文讨论Matlab生物信息学工具箱用于获取并处理NCBI基因表达数据库(GEO)系列数据集的新功能。 引言 NCBI基因表达数据库是存储高通量微阵列实验数据最 ...
(2456)次阅读|(0)个评论
Matlab2010a的新特征 2010-04-10
The MathWorks 近日发布了 2010a (R2010a) 版  MATLAB  和  Simulink  产品系列。这一版本的特点包括在 MATLAB 中新增了信号和 视频 ...
(2961)次阅读|(7)个评论
机器学习 2010-04-09
来到卡内基梅隆大学学习已经将近8个月了,一直没有认真地写点什么,今天偶有所感,草就此文,介绍一点听课感想,以为纪念。 CMU的计算机学院很特别,居然有一 ...
(1909)次阅读|(2)个评论
在matlab中探索基因表达数据 2010-04-09
本文利用Matlab及其生物信息学工具箱提供的函数识别差异表达基因并利用基因本体论确定差异表达基因的生物学功能。 引言 包含寡核苷酸或cDNA探针的微阵列 ...
(4545)次阅读|(1)个评论

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kidmoonjj 2012-9-6 23:06
dechang: 我已经上传过全文了啊
谢谢前辈!
kidmoonjj 2012-9-6 23:05
dechang: 我已经上传过全文了啊
谢谢前辈!
francisliu 2012-8-11 13:53
谢谢您!
kidmoonjj 2012-6-28 12:19
前辈您好,看到您收藏的nature上的新文章 Widespread transcription at neuronal activity-regulated enhancers 很有兴趣,可否共享全文呢?谢谢!
诺Lucifer 2012-6-27 14:07
老师 您好 您上次应助我的一篇文献<Expression and Regulation of the Vitamin D Receptor in the Zebrafish, Danio reri>,我没能成功下载,能不能麻烦老师再发到我邮箱里啊?谢谢老师 我的邮箱是chenbin331377532@126.com
dechang 2011-11-19 17:17
该命令直接从GEO网站获取数据,抱歉,我没试过matlab7.0啊
ssssoner 2011-11-7 13:06
老师 是不是MATLAB版本一定要是R2008b以上 matlab 7.0不可以
ssssoner 2011-11-5 15:23
dechang : 呵呵,欢迎加入生物信息学的研究队伍。 这条命令从GEO数据库中读取GSE5847数据集保存到本地文本文件,需要连接到因特网 ... 谢谢老师答复,我是上GEO网站输入GSE5847,从网上下载GSE5847数据,保存在D盘任意位置,曾经试过soft,txt格式的下载,下载下来是压缩文件,再解压。然后再在matlab当中输入获取数据的语句,也试过将下载的文件放在MATLABwork文件夹中,再读。从GEO数据库中读取的这个文件是怎么得到的?是按照我那样从GEO中下载吗? ... ...
ssssoner 2011-11-4 17:43
我是南理工信号处理专业研究生 现在对该方面很有兴趣想深入研究 谢谢
ssssoner 2011-11-4 17:41
老师你好 耽误您一分钟时间,我用MATLAB获取GEO数据总是出现: gseData=getgeodata('GSE5847','ToFile','GSE5847.txt') Warning: Problems reading the GEO data. The structure may be incomplete. > In geosoftread at 175   In getgeodata at 89 gseData =         Scope: 'SERIES '     Accession: ' GSE5847' 好像根本无法读取数据本身,应该返回数据头和数据。我下载的是txt,或者soft的文件,不知道原因在哪里 麻烦您 不胜感激 ... ...
ever1219 2011-5-23 19:23
老师,谢谢您上次的帮助,关于基因双聚类分析,Interrelated Two-way Clustering的matlab实现,您有相关程序吗?谢谢
ever1219 2011-5-23 12:27
dechang: 你下载GDS1210.soft.gz解压成GDS1210.soft试一试,你用的那个还包含注释信息
谢谢您,老师!!!!
ever1219 2011-5-18 21:40
老师,您好,我想做关于基因表达数据的双聚类分析的问题。我从NCBI上下载了一组胃癌基因数据GDS1210,对它进行Interrelated Two-way Clustering,在Matlab中运用gdsdata = geosoftread('GDS1210_full.soft')读取,得到一个文件,但是里边有一些不是数值的数据,我应该怎么导出基因表达矩阵对它进行分析?谢谢
北木 2011-4-17 21:40
dechang: 谢谢帮助!
不客气,呵呵
阿平 2011-4-14 07:02
dechang: 谢谢啦,又是您帮了我。
呵呵
刘博 2010-5-1 20:00
dechang: 生日快乐!
谢谢,徐老师!您什么时候回国啊,呵呵?很是想念啊……
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